自建郵件的缺點主要體現在以下方面：
一、自建郵件服務器系統費用比外包郵局費用高
二、自建郵件服務器系統品質低?
三、自建系統維護工作量大，風險高?
和自建郵件系統的企業不同，類似網易這樣的專業大型郵件服務提供商，卻可以與其他國際知名郵件服務提供商之間建立強大的反垃圾、防偽造數據庫，來反制猖獗的垃圾郵件問題。白名單與黑名單，也是常用的手段之一，所謂白名單是各家大型郵件服務提供商互相信任保證郵件收發暢通的敲門磚，而黑名單，則是封鎖垃圾郵件源頭的依據。
自建郵件系統由于自身限制，不僅本身垃圾郵件防護能力與擁有20多年運維經驗的
網易郵箱不可同日而語，甚至可能遭遇全球郵件服務提供商防御體系的誤殺。根據國際反垃圾郵件組織的一項研究發現，在大多數自建企業郵箱系統中，系統資源在 92% 的時間中都在轉發來自僵尸網絡的垃圾郵件。這不僅容易導致自建郵箱企業自身的郵件收發網絡擁塞，影響企業辦公效率，同時被垃圾郵件黑名單封殺也是常有的事情。盡管包括 Postfix 等在內的 MAT 軟件都推出了 DNS 黑白名單或者類似的替代功能，但是作為互聯網世界的一個孤立節點，自建企業郵箱系統，很難通過這些功能來保護自身的郵件系統，充分發揮這些功能的作用。
事實上，無論從成本安全，還是數據安全來考量，相對于越來越成熟完善的外包式企業郵箱服務，自建企業郵箱都是件有點吃力不討好的事情。對于企業郵箱選擇自建還是外包，如果一些親身經歷過自建系統困難的管理人員，具有更充分的發言權，企業可能完全會是另一種選擇。不過如今似乎越來越多的企業管理者開始意識到了這一點，在國內市場上，類似網易等出色的大型企業郵箱服務提供商，正在越來越多的占據原本屬于自建郵箱的市場。自建企業郵箱管理員的血淚史，似乎也可以慢慢畫上句號了。
